En el actual contexto global del debate energético, el tema de los biocombustibles ha recibido gran atención en los medios. En los EE.UU., el principal 'cultivo energético' es sin dudas el maíz, que es procesado para la obtención de etanol que después se mezcla con la gasolina, como combustible para los vehículos a motor. En la actualidad no existe ninguna variedad de maíz transgénico, ni ningún otro cultivo transgénico, que haya sido manipulado genéticamente para la producción de biocombustibles. Aunque para la producción de biocombustibles los cultivos convencionales funcionan igualmente bien que los cultivos modificados genéticamente para la tolerancia a herbicidas y la resistencia a los insectos, algunas empresas están desarrollando nuevos cultivos transgénicos específicamente para este mercado.
No queriendo perder la oportunidad de publicidad y Relaciones Publicas, la industria biotecnológica ha jugado un papel destacado a la hora de presionar por la expansión de los biocombustibles, y actualmente sostiene que los biocombustibles ayudaran a resolver la urgente problemática del cambio climático. En la medida en que la industria semillera ve este fenómeno como una nueva oportunidad para expandir sus mercados, por ejemplo del maíz para la producción de etanol, la industria biotecnológica esta modificando ahora un maíz mediante la ingeniería genética específicamente para la producción de biocombustible. Syngenta es la empresa que ha avanzado mas al respecto, con una reciente solicitud a la USDA por su línea de maíz 3272 que ha sido manipulada genéticamente para contener una enzima utilizada en el proceso de producción de etanol. Sin embargo, existe la preocupación de que esta enzima industrial – que seria un ingrediente completamente nuevo en la cadena alimentaria y de alimento animal – podría provocar reacciones alérgicas en quienes la consuman o la inhalen. además, ya existe una enzima prácticamente idéntica que puede ser añadida al maíz en la refinería de etanol. A la luz de estos riesgos, y de las alternativas disponibles, no parece haber necesidad de introducir maíz transgénico específicamente modificado mediante ingeniería genética como materia prima para la industria de biocombustibles.
A pesar del hecho de que son muy pocos los cultivos que han tenido éxito comercialmente, la industria biotecnológica y algunas instituciones han estado experimentando con otros cultivos incluyendo trigo, arroz, papas, mandioca y sorgo.
Un fenómeno recurrente vinculado a la liberación de transgénicos en el medio ambiente, ya sea con fines experimentales o comerciales, es la incapacidad o falta de voluntad de los organismos reguladores gubernamentales y otros, de controlarlos una vez que han sido liberados. Un cultivo transgénico destinado solamente al alimento animal logro contaminar el sistema alimentario. Otros que estaban destinados solo a fines experimentales, aparecieron en el medio ambiente y en el sistema alimentario anos después. El tipo y el alcance de la contaminación identificada desde 1996, claramente sugiere que la precipitada carrera de la industria biotecnológica de comercializar sus cultivos transgénicos ha sido llevada a cabo haciendo caso omiso de los frecuentes impactos serios en los mercados y en los agricultores que no quieren tener nada que ver con los cultivos transgénicos.
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